《第1号命令》规定菲律宾、南部朝鲜、日本本土四岛及西南诸岛的日军向美国太平洋陆军投降，这几处陆海军官兵数总计超过410万，占720万日军的57%。
1945年4月美国决定撤销盟军太平洋战区、西南太平洋战区，麦克阿瑟的职务又回到1941年7月的美国太平洋陆军司令。8月15日，杜门宣布任命麦克阿瑟为对日受降的盟军最高统帅。无仗可打了，麦克阿瑟梦寐以求的亚太战场最高指挥官终于不能实现，而盟军最高统帅实际上不仅不能指挥他国军队，就连旗下美军也急剧减少。但麦克阿瑟的运气在于，盟军最高统帅部又被赋予改造日本的职能，盟军最高统帅因而成为占领时期日本最高统治者。
菲律宾日军投降
9月3日上午9时30分，投降签字仪式在菲律宾的碧瑶草草举行，第14方面军司令山下奉文大将代表菲律宾所有日军在投降书签字。日军代表还有第14方面军参谋长武藤章中将、西南方面舰队司令兼第3南遣舰队司令大川内传七中将、舰队参谋长有马馨少将。
麦克阿瑟的参谋长萨瑟兰中将代表受降主官、美国太平洋陆军总司令麦克阿瑟主持仪式。遵奉麦克阿瑟的指令，当年在菲律宾败于本间雅晴的温赖特、在新加坡败于山下奉文的珀西瓦尔出席了投降签字仪式。
菲律宾战役从1944年10月美军在莱特岛登陆开始已将近一年。第14方面军所属第35军在莱特、宿务、棉兰老等岛屿的部队大多战败溃散，军司令部最终撤往棉兰老岛，军司令铃木宗作在途中战死。第41军被围困马尼拉以东山区趋于解体。只有山下奉文率方面军直辖部队数万残部在碧瑶北山区苦撑。8月25日接到南方军总司令部关于停战交涉的指示，山下奉文率幕僚于9月2日走出深山驻地，到达美军指定的地点投降。
9月7日第35军参谋长友近美晴少将在棉兰老岛中部Tamongan 签署投降书。9月8日振武集团长、第1挺进集团长冢田理喜智陆军中将在吕宋岛蒙塔尔万签署投降书。
南部朝鲜日军投降
9月9日在汉城，日军第17方面军司令上月良夫中将、镇海警备府司令山口仪三郎海军中将向美国第24军军长霍奇中将正式投降，美国海军第7舰队司令金凯德中将在场。日本朝鲜总督阿部信行预备役陆军大将出席签字仪式，但霍奇忽略了阿部信行的敌国俘虏身份要求他继续留用，几乎酿成政治风波，几天后这一决定被取消。
西南群岛日军投降
《第1号命令》初稿第一条第4款“在日本委任统治各岛，琉球、小笠原群岛及其他太平洋岛屿之日本高级将领及所有陆海空军及附属部队应向美国太平洋舰队总司令投降。”
第5款“日本大本营及在日本各本土附近各小岛，北纬38度以南之高丽及菲律宾之日本高级将领及所有陆海空军及附属部队应向美国太平洋陆军总司令投降。”
在日军大本营9月2日《大陆命特1号》中将美国陆海军的受降界限明确为为日本西南诸岛与论岛（不包括）以南向美国海军投降。实际执行时又发生变更：可能因冲绳岛战役时美军体制已经调整，冲绳岛的地面作战归陆军全权负责，西南诸岛与论岛（不包括）以南改向美国陆军投降，受降范围也扩大到与论岛北的奄美群岛。资料中未见到美国陆军、海军是如何交涉有关更改的，尼米兹、史迪威的传记也没有记载。麦克阿瑟手下3个集团军只有第10集团军没有享受到占领日本的荣誉，也许有些关系。
加拿大黑马预测9月7日，美国陆军第10集团军司令史迪威上将在冲绳岛主持日军的投降仪式。6月23日第32军司令牛岛满与参谋长长勇在冲绳岛兵败自杀，此后第32军没有任命新的司令，亦没有命令撤销第32军番号。第32军的余部有驻先岛群岛宫古岛的第28师团、独立混成第59、60旅团，驻石垣岛的独立混成第45旅团。海军是高雄警备府辖冲绳方面根据地队残部（司令大田实在冲绳作战时战死，冲绳方面根据地队7月30日撤销）。与论岛是日军本土防御与第10方面军的分界点，与论岛北的奄美群岛德之岛独立混成第64旅团隶属本土第16方面军，但被指定在冲绳岛投降。投降书由第28师团长纳见敏郎中将、独立混成第64旅团长高田利贞少将、横须贺镇守府附（原冲绳方面根据地队参谋长）加藤唯雄少将签字。12月2日盟军下令以A级战犯嫌疑逮捕纳见敏郎，13日纳见敏郎在宫古岛自杀。
9月2日盟国受降典礼期间，美国海军第5舰队司令斯普鲁恩斯上将受命率部在东京湾海域担任警戒，为此他特地出席了在第5舰队最后一战之地的对日受降式。
本土日军投降
麦克阿瑟的盟军最高统帅部进驻日本初，担任占领日本的第8集团军辖有第24师与第11空降师，后来又调入第1骑兵师。分别以第1骑兵师驻本州，第24师驻九州、四国，第11空降师驻北海道。
日本投降签字典礼后，麦克阿瑟当日发布对日本全国实行军事管制的通告。外务大臣重光葵3日晨急赴横滨晋见麦克阿瑟，表示军事管制不符合《波茨坦公告》精神，力劝麦克阿瑟通过日本政府实行占领。麦克阿瑟同意立即取消军事管制，日本本土陆海军的缴械、解散、复员均由日本政府与军方完成（9月11日盟军开始逮捕战犯嫌疑人，重光葵再次进谏劝阻，遂改由日本政府根据盟军名单实行逮捕、再行引渡）。如藤原彰所记，第216师团步兵第524联队于9月初接到解除武装、全体复员的命令，至9月23日正式完成交出武器、烧毁联队旗、解散复员各环节。更早的复员在美军进驻日本之前已开始，首先是陆军的船舶部队、铁道部队，以这些部队官兵充任繁忙的运输业务。其次是陆海军的航空部队，以防止日军官兵利用航空器材进行可能的破坏、自杀行为。
据日本海军《大凑警备府记事》，9月8日美国海军24艘舰艇入泊大湊湾，9日在美国驱逐舰Paul Hamilton号（DD-590）上举行日本北部紧急占领与投降签字仪式，27日美国陆军部队1500人进驻北海道。日本北方何以单独举行投降签字仪式，而且时间很早？很可能是美军方面针对苏联进入北海道的企图而采取的非常措施。
中国战区9月9日对日受降典礼后规定投降日军受总司令何应钦节制指挥、不受日本政府之任何牵制。中国派遣军总司令部改称中国战区日本官兵善后总联络部，中国派遣军总司令官改称中国战区日本官兵善后总联络部长官，不得主动发布任何命令。但本土日军番号停止使用时间并未统一，如联合舰队10月10日解散，15日第1总军改称第1复员军、第2总军改称第2复员军。第12方面军司令田中静壹8月24日自杀，即由土肥原贤二接任。杉山元9月12日自杀，土肥原贤二又接任第1总军司令，再由北野宪造接任第12方面军司令。土肥原贤二于9月23日转任军事参议官，之后的第1总军司令是梅津美治郎、河边正三。
日本海军省甚至在关门前夕的11月1日下令晋升一批将官军衔，晋升中将有41期的第11鱼雷战队司令高间完、海军省施设本部总务部长山口次平、海兵教头木村昌福，42期的第4特攻战队司令三户寿、西南方面舰队参谋长有马馨，鱼雷学校长小柳富次，43期的高雄警备府参谋长中泽佑、原联合舰队参谋长矢野志加三。难道麦克阿瑟会允许日本海军省这样做？而且中泽佑已在中国控制之下，中国战区明确规定投降日军不得接受东京方面命令。
日本的军管区体制
1935年日本陆军在本土组建东部、中部、西部防卫司令部。1940年改称东部军、中部军、西部军，又增设北部军，分别统辖所在地的陆军部队。1941年成立防卫总司令部指挥这4个军。1943年2月21日北部军改编为北方军，脱离防卫总司令部改为直属大本营、纳入外战体制以加强在北方对美军防御。1945年4月7日实施本土决战体制成立第1、2总军取代防卫总司令部。
1873年设置6镇台时同时设置第1-6军管地区作为动员机构，另有第7军管地区负责北海道。1883年撤销6镇台、建立第1-6师团时，形成师团管区——旅团管区建制。1899年改为师团管区——联队区、警备队区，1903年再改为师团管区——旅团管区——联队区，番号同于师团、旅团、联队番号。1941年11月随着师团编制的改革，这一体系演变为：本土东部、中部、西部、北部军管区——14个师团管区——50个联队区以及台湾、朝鲜、关东军管区——-26个兵事区。军管区系统主要职责是动员，归陆军大臣指挥。
1945年1月大本营确立本土决战体制，本土陆军部队划分为作战部队与管区部队，新成立方面军司令部指挥作战部队，方面军（或军）司令部与军管区兼任，全部军管区体系最终都改定为军管区（大将、中将）师团管区（中将）——地区（或称联队区，少将），关东军管区取消，4月所有留守师团并于师团管区。
日本陆军管区部队体系（1945年1月）：
1.北部军管区（第5方面军兼）：
- 旭川师团管区（合并留守第7师团，辖旭川、钏路、札幌、函馆、丰原地区司令部）
2.东北军管区（第11方面军兼）：
- 弘前师团管区（合并留守第57师团，辖青森、盛冈、秋田地区司令部）
- 仙台师团管区（合并留守第2师团，辖仙台、福岛、山形地区司令部）
3.东部军管区（第12方面军兼）：
东京师团管区（合并留守近卫第2师团，辖东京、浦和、甲府、横浜、千叶地区司令部）
宇都官师团管区（辖宇都宫、水户、前桥地区司令部）
长野师团管区（合并留守第54师团，辖长野、新潟地区司令部）
4.东海军管区（第13方面军兼）：
- 名古屋师团管区（合并留守第3师团，辖名古屋、岐阜、静冈、津地区司令部）
- 金泽师团管区（留守第52师团，辖金泽、富山地区司令部）
5.中部军管区（第15方面军兼）：
- 京都师团管区（合并留守第53师团，辖京都、大津、福井地区司令部）
- 大阪师团管区（合并留守第4师团，辖大阪、奈良、和歌山、神户地区司令部）
6.中国军管区（第59军兼）：
- 旧西部军管区广岛师团管区升格（辖广岛、松江、山口、鸟取、冈山地区司令部）
7.四国军管区（第55军兼）：
- 旧西部军管区善通寺师团管区升格（合并留守第55师团，辖高松、德岛、高知、松山地区司令部)
8.西部军管区（第16方面军兼）：
- 久留米师团管区（合并留守第56师团，辖福冈、佐贺、长崎地区司令部）
- 熊本师团管区（留守第6师团，辖熊本、大分、宫崎、鹿儿岛地区司令部）
9.台湾军管区（第10方面军兼）：
直辖高雄、台北、台中、台南、新竹、花莲港、台东地区司令部
10.朝鲜军管区（第17方面军兼）：
- 罗南师团管区（辖罗南、咸兴地区司令部）
- 平壤师团管区（合并留守第30师团，辖平壤、海州地区司令部）
- 京城师团管区（合并留守第20师团，辖京城、春川、清州、大田地区司令部）
- 大邱师团管区（辖大邱、釜山地区司令部）
- 光州师团管区（辖光州、全州地区司令部）
总计本土8个军管区、12个师团管区、50个地区，台湾军管区直辖7个地区，朝鲜军管区辖5个师团管区12个地区。管区所辖部队多称“某某补充队”，极少数部队有正规番号，如东部军管区辖近卫第1师团，中部军管区辖舞鹤要塞司令部、重炮兵第5联队。
日本本土军队的解散、复员通过地方军区完成。如藤原彰是第216师团第524联队第3大队长，在联队补充地姬路完成部队解散，本人回到兵役属地——中部军管区大阪师团管区的奈良地区司令部，办理转入预备役手续。12月奈良地区司令部再发出解除预备役命令，藤原彰才算完全变为平民。
